JASONにおけるNMRデータ処理：ROSY
最近、 JASON 3.2 で緩和データの便利な処理と解析が導入されました。このコンセプトは拡散NMRやDOSYのサポートに似ています。解析には積分、ピーク、またはすべてのデータポイントを使用することができ、ROSY（Relaxation Ordered SpectroscopY）プロットは結果のT1値とそれぞれの推定誤差から構築されます。JASON 3.2では、ROSY処理機能はインバージョンリカバリー、T1実験のみをサポートしていますが、近日中に他のあらゆる一般的な手法に拡張される予定です。ユーザー定義の方程式による積分のフィッティングを含むあらゆる配列実験のマニュアル解析は、すでにJASONに実装されています。DOSYと同様の処理ステップとしてROSYを実装した目的は、ユーザーエクスペリエンスを向上させ、データ処理エンジンによるより良い自動化を可能にすることです。 図1 JASONにおけるインバージョンリカバリー（T1）実験の解析と処理 [...]
JASONバージョン3.2は、JASONチームによる2024年の最初のリリースです。
JASONバージョン3.2は、JASONチームによる2024年の最初のリリースです。 JASON 3.2では、NMRとともに質量分析データも追加できるようになりました。JEOL JMS-S3000 SpiralTOF（MALDI-TOFMS） のユーザーは、JASONにデータを読み込むことができるようになり、JEOL JMS-S3000 SpiralTOF の質量分析(MS)データをパラメータとピークの簡単なレポートと一緒に表示することができます。 [...]
JASON 3.1 – 機能の拡張と自動化－
JASONバージョン3.1が登場し、NMR処理・分析機能と自動化オプションが拡張されました！ DOSY機能が拡張 JASON 3.1では、DOSY結果を報告する新しいテーブルが導入され、Arrayedテーブルやチャートと並んで、Kineticパネルから作成できるようになりました。 フィッティングダイアログでは、Stejskal-Tanner方程式がサポートされ、拡散データのフィッティングやDOSY解析を視覚化することができます。パルスシーケンスパラメータから直接、補正された拡散時間の自動計算機能を導入しました。 外部コマンド処理スクリプト（関連記事：External Command processing scripts, [...]
JASONの能力を拡張する （その3） ：高度な外部処理、t1ノイズ除去
これまでこのシリーズでは、JASONが処理中のデータを外部プログラムに渡すことで、JASON内では現在利用できない処理を実行できることを紹介しました。今回は、t1ノイズ除去のための処理関数をpythonでプロトタイピングした後、開発チームがJASONのメインコードに実装した実際のアプリケーションを紹介します。 高ダイナミックレンジのサンプルは、２次元スペクトルの間接観測軸の方向に好ましからざる様相を呈することがあります。これはいわゆるt1ノイズと呼ばれるもので、各t1インクリメント間の信号強度の小さな変動から生じます。これらの変動はt1では変調されないため、スペクトル上のt1/F方向に平行な縞模様として現れ、かつスペクトル中の強い信号と関連しています。最新の分光計ハードウェアはこのようなアーティファクトを大幅に減少させますが、データ処理段階で除去する必要がある場合もあります。 t1ノイズを抑制するアルゴリズムは数多く存在しますが、このブログでは、ManolerasとNortonが提案し、Journal of Biomolecular NMRに掲載されたものを紹介します（J. Biomol. NMR 2 [...]
JASONのパワーを拡張する（その2） ：MATLABとRによる外部コマンド処理
前回のブログでは、JASONの外部コマンド処理としてpythonを使用し、NMR処理過程のどのポイントでもデータに対して操作を実行できることを説明しました。これは、例えば新しいデータ処理のアプローチを開発するユーザーにとっては、非常に強力でかつ柔軟なツールとなります。 しかし、もしあなたのお気に入りのプログラミング言語がpythonでなかったら？JASONの外部コマンド処理機能は、HDF5フォーマットのデータを読むことができるすべての外部プログラムやスクリプトにデータを送ることができます。これには、最新のプログラミング言語の大半（そしてそうでないものも！）が含まれます。 このブログでは、MATLABとRスクリプトの両方をJASONから呼び出し、前のブログで説明したのと同じ操作を実行する方法を紹介します。MATLABはネイティブでHDF5ファイルの読み書きをサポートしていますが、Rは追加のライブラリをインストールする必要があります。このブログで紹介する例では、rhdf5ライブラリを使用します。 MATLABスクリプトは、前回説明したinvert.py pythonスクリプトと概念的に非常に似ています。MATLABファイルはデータに適用される関数を実装しています。MATLABはすでにinvert()と呼ばれる関数を持っているので、誤って間違った関数を呼び出さないように、この関数に別の名前、この場合はinvertspec()を付けます。h5read()関数とh5write()関数は、HDF5ファイルからデータを読み書きします： 前のブログ記事のpythonスクリプトのように、データセットのサイズを変更しないので、元のデータを変更後のデータに置き換えるだけです。 JASONからこのスクリプトを呼び出すのは簡単です。外部コマンドの処理項目を処理リストに追加し、いくつかのオプションを設定するだけです。MATLABの場合、コマンドは単に "matlab "で、引数は以下の通りです： -nojvm [...]
Introducing JASON Version 3.0
JASON バージョン 3.0 のリリース 今回のJASON 3.0は発売開始以来で最も大きなリリースの一つになります。その中身には、マルチベンダー対応の商用NMRソフトウェアとしては初めてとなる3Dスペクトルデータのサポートが含まれます。 3Dデータのサポート ３D NMRデータの取り扱いの要請に応えて、JASON 3.0では、例えばHNCAなどに代表される３Dデータ（FID）の処理（JEOLデータ）と、そのスペクトルデータの表示（JEOL及びBrukerデータ）が可能となりました。 [...]